Peuple turc, les Ouighours (appelés Yuechis) après avoir fait partie de l’empire des Turcs orientaux, instaurent leur hégémonie sur la Mongolie et la Haute Asie en 744. Leur centre se trouve dans la vallée du Haut Orkhon près de Karakorum. Alliés de la dynastie chinoise des Tang, ils sauvent celle-ci d’une révolte en 762 en reprenant la capitale Lo-Yang aux rebelles. C’est lors de ces excursions en Chine que les Ouighours entrent en contact avec le manichéisme que le khagan ( roi ) Alp Koutlough adopte comme religion d’État. Mais l’empire ouighour s’effondre en 840 avec l’irruption des kirghizes (peuple turco-mongol) venus de Sibérie. Réfugiés en Chine, ils fondent deux royaumes, l’un dans le Gansu, l’autre dans le Turkestan oriental (Xinjiang) où les influences bouddhiques et nestoriennes se font sentir. C’est à cette époque que l’islamisation a lieu, très vite pour le royaume du Gansu, plus lentement au Turkestan oriental où le bouddhisme ne s’éteint définitivement qu’au XVe siècle.
Au XIIIe siècle, le royaume est absorbé par les Mongols puis au XVe siècle par les Kalmouks et ce n’est qu’en 1759 que la dynastie mandchoue intègre le Turkestan oriental dans son espace territorial. 
Cependant, jusqu’en 1949 et l’arrivée au pouvoir des communistes, les Chinois n’exercent qu’une souveraineté très lâche sur la région, si bien que les Ouighours jouissent d’une quasi-autonomie. Cette situation, toutefois, n’empêche pas la population de se révolter contre les représentants du pouvoir impérial. La plus importante insurrection contre les Chinois est certainement celle menée par Muhammad Yakoub beg entre 1864 et 1877. Cette agitation est soutenue par les Anglais et les Russes qui y voient un moyen d’affaiblir l’influence chinoise dans la région. Les Russes présents depuis 1830 par l’intermédiaire d’agents implantés dans la population profitent de la révolte en prenant possession d’une partie de la vallée de l’Illi (région de Kouldja). Le traité de Saint Petersbourg ratifié en 1881, officialise l’avancée russe au Turkestan oriental. Confrontée à cette menace, la Chine transforme, en 1884, le Turkestan oriental en province du Xinjiang (ce qui signifie “nouvelle frontière“) et amplifie sa présence dans la région.
La chute de la dynastie Qing et l’instauration de la République en 1911 par Sun Zhong Shan (Sun Yat-sen) entraîne l’indépendance de facto du Xinjiang qui culmine avec le mouvement de la Vallée de l’Illi et l’éphémère République du Turkestan oriental, entre 1945 et 1949, date à laquelle le nouveau pouvoir communiste restaure l’autorité de la Chine au Xinjiang.

La politique de la RPC dès 1949 va être tournée vers " la reconstitution du domaine impérial " (1), cela implique donc la consolidation des frontières. Au Xinjiang, il s’agit de contenir les velléités d’expansion soviétiques, ce qui est facilité (du moins jusqu’en 1956) par la nouvelle couleur du régime chinois. Ainsi, les accords sino-soviétiques de 1950 créant deux sociétés mixtes pour l’exploitation du pétrole et du gaz de la région impliquent la reconnaissance de facto par l’URSS de la souveraineté chinoise sur la totalité du Xinjiang. Par contre, les différents accords ne fixent pas, juridiquement, la frontière avec les républiques musulmanes (Tadjikistan, Kazakhstan et Kirghizistan).
Mais les rapports sino-soviétiques vont se tendre dès 1956 pour se rompre en 1962. En septembre, la Chine exige la fermeture des consulats soviétiques de Kouldja et Urumqi. Dès lors, les rivalités ancestrales opposants Russes et Chinois en Asie centrale resurgissent et plusieurs accrochages ont lieu sur les frontières communes des deux pays. Pour la Chine l’occasion est parfaite pour remettre sur la table la question des " traités inégaux " et des frontières avec les républiques musulmanes d’Union Soviétique. En fait la bonne entente sino-soviétique n’aura été qu’une parenthèse dans les relations des deux voisins. Celles-ci resteront tendues jusqu’à l’éclatement de l’URSS en 1990. Depuis, les Russes ne représentent plus un danger, par contre le problème frontalier persiste.
La deuxième difficulté au Xinjiang, pour les Chinois, réside dans le séparatisme latent des Ouighours.
Ayant restauré leur autorité sur la région, les communistes décident d’affermir leur pouvoir pour éradiquer les volontés d’indépendance. Mais comme dans bien d’autres domaines la politique chinoise sera très fluctuante, évoluant au gré des luttes de pouvoir au sein du Parti Communiste Chinois (PCC).
Dans un premier temps, les élites musulmanes à l’instar de Seïf al Din qui occupa les fonctions de Président du gouvernement populaire local et de Secrétaire du Comité du Parti sont associées au régime. Cependant, les efforts du gouvernement ne suffisent pas à enrayer le nationalisme ouighour. Plusieurs mouvements de revendication voient donc le jour, notamment pendant la campagne des Cents Fleurs.
Les communistes décident donc de changer de politique et de nombreux dirigeants musulmans sont écartés. Ensuite, pour éviter les échanges transfrontaliers (jugés subversifs ) entre les Ouighours du Xinjiang et ceux vivant dans les républiques musulmanes d’URSS, les Chinois remplacent l’alphabet en caractère arabe, utilisé par les Ouighours, par un alphabet en caractère latin. Les relations entre les populations ouighoures des deux côtés de la frontière s’en trouvent réduites sans jamais s’éteindre tout de même.
 La période la plus dure est certainement celle de la Révolution culturelle, qui a pour but au Xinjiang de détruire l’islam. Les mœurs et croyances des musulmans ne sont plus respectées, les mosquées détruites et les Chinois entreprennent une politique de sinisation forcée. De nombreux Chinois Han (ethnie majoritaire, 90% de la population) sont incités à s’installer au Xinjiang. Cette politique est d’ailleurs efficace puisque les Han qui n’étaient que 10% en 1950, sont aujourd’hui plus de 40%. Le gouvernement espère donc noyer les Ouighours dans la masse pour ôter tout poids à leurs revendications.
Toutefois, le régime s’est assoupli à partir de 1978 avec l’arrivée de Deng Xiaoping au pouvoir. L’islam comme les autres religions a retrouvé droit de cité. Mais cette nouvelle politique n’a pas affaibli le mouvement indépendantiste ouighour. L’agitation ouighoure s’est accentuée, portée par les résultats des mouvements nationalistes en URSS. En effet, en 1991 les républiques musulmanes obtiennent leur indépendance. Cette évolution à l’ouest, encourage les Ouighours dans leur quête de liberté. Aussi aujourd’hui, si les Soviétiques ne représentent plus un danger, le problème ouighour persiste et a totalement changé de physionomie.

En décembre 1991, les trois républiques musulmanes d’URSS possédant une frontière commune avec la Chine accèdent à l’indépendance. Désormais le problème ouighour va prendre une nouvelle tournure. En 1991 les revendications ouighoures prennent une dimension internationale avec notamment l’accroissement du rôle de la diaspora. Les Soviétiques utilisaient déjà le mouvement ouighour dans son conflit avec la Chine. En effet, les associations ouighoures, très nombreuses au Kazakhstan étaient infiltrées par le KGB. Celui-ci était chargé de faciliter l’introduction des journaux ouighours au Xinjiang dans le but d’agiter la population.
Lors de la chute de l’empire soviétique de nombreux groupes en faveur de l’autonomie du Xinjiang ont essaimé dans les trois républiques mais surtout au Kazakhstan où la représentation ouighoure est la plus forte. Ainsi, de nombreux Ouighours des deux cotés de la frontière ont espéré que les agitations en URSS atteindraient le Xinjiang et qu’ils pourraient enfin se réunir dans une “République du Ouighouristan“. Mais les évènements ne se sont pas déroulés comme ils le souhaitaient. En effet, non seulement la Chine n’a pas été ébranlée par la chute de l’URSS mais la situation des Ouighours au Kazakhstan s’est dégradée. Pendant les premières années d’indépendance du Kazakhstan, les Ouighours jouissaient d’une situation très favorable, leur permettant d’exprimer leur identité : plusieurs journaux, émissions de radio et de télévision, théâtre, maisons d’édition… 
Mais dans le milieu des années 90 le gouvernement kazakh a changé d’attitude vis à vis des minorités, notamment les Ouighours. Aussi, le théâtre a été fermé, les émissions télévisées en langue ouighoure ont été supprimées et il ne subsiste plus qu’un seul journal hebdomadaire ! Cette politique concerne aussi les centres de recherche puisque l’Institut Ouighour a été fondu dans le Centre d’études orientales.
Cette nouvelle politique kazakhe trouve son origine dans deux facteurs. Tout d’abord, la situation particulière du Kazakhstan parmi les républiques musulmanes de l’ex-URSS. Le problème réside dans la faiblesse numérique de l’ethnie kazakhe (42% contre 37% de russes, première minorité), l’étendue du pays et l’importance des Russes qui font craindre une guerre civile ou une sécession d’une partie du pays. Cette spécificité explique la politique de “kazakhisation“ entreprise par le président Nazarbaïev. L’exemple type est la loi de novembre 1996 imposant l’utilisation du kazakh dans les établissements publics dès 2001. Ensuite, si la politique de kazakhisation est particulièrement virulente à l’égard des Ouighours, c’est que la Chine fait pression sur le gouvernement kazakh. Car en 1995 un accord de coopération a été signé entre la Chine et le Kazakhstan. Celui-ci comportait une clause dans laquelle les Kazakhs s’engageaient à lutter contre les séparatismes (il ne fait aucun doute qu’il s’agit du séparatisme ouighour ! ) . C’est à la suite de cet accord que la répression du " séparatisme " s’est accéléré.
La Chine a donc mis en place une politique très efficace de lutte contre les velléités d’indépendance ouighoures. Celle-ci peut s’observer aussi dans les relations de la Chine avec le régime taliban en Afghanistan.

Depuis quelques années, les étudiants en théologie afghans ont développé l’exportation de deux produits vers la Chine et surtout le Xinjiang : le fondamentalisme religieux et l’héroïne.
En effet, de nombreux Ouighours sont venus étudier dans les madrasas (écoles coraniques) afghanes et en sont partis avec la ferme intention d’accentuer la lutte contre le pouvoir chinois, cela explique en partie l’accroissement des attentats au Xinjiang. Quant à l’héroïne, l’Afghanistan en est le premier producteur mondial et la Chine est un marché potentiel immense ( les talibans aussi apprécient la mondialisation  !).
Pour lutter contre ces deux fléaux, la Chine a décidé par l’intermédiaire de son allié pakistanais (qui soutient le régime taliban) de négocier avec les " étudiants ". L’accord conclu prévoit une possible reconnaissance (2) du régime taliban par la Chine et du coté afghan une réduction de l’exportation des " produits  made in taliban " vers le Xinjiang.

Perte de la domination ethnique dans leur propre région, audience internationale quasi-nulle, marge de manœuvre restreinte, capacités d’expression de l’identité faible quelles conclusions tirées de ce bilan si ce n’est que l’indépendance est un " luxe " dont les Ouighours ne peuvent que rêver  ! ! !